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7. ISVアプリケーション(一部利用ユーザ制限あり)

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改版履歴

8. free アプリケーション

本章は,2010年11月から稼働を開始した「TSUBAME2」、及び2013年9月からの「TSUBAME2.5」に用意されているフリーアプリケーションの手引きとして作成しています.

  • GROMACS
  • povray
  • thinker
  • GAMESS
  • platex
  • Tgif
  • R
  • gnuplot

利用にあたっては,開発元の提供している情報を確認してください.

8.1 GROMACS

GROMACS はバージョン4.0.7を使用できます.GCC,PGIコンパイラ,INTELコンパイラで 作成されたバージョンが使えます.実行する前に以下のように環境変数をセットします.

$ source /usr/apps.sp3/env/gromas_pgi-vars.sh PGI版利用時
$ source /usr/apps.sp3/env/gromas_gcc-vars.sh GCC版利用時
$ source /usr/apps.sp3/env/gromas_intel-vars.sh INTEL版利用時

Grompp での処理終了後,mdrunで計算を行います.

1.[インタラクティブ実行]

(1). シングル実行

$ mdrun-s -s XX.tpr -o XX.trr -c XX.gro -v -g ログファイル

(2). MPI実行

$ mpirun -np  CPU 数 mdrun -s XX.tpr -o XX.trr -c XX.gro -v -g ログファイル
2.[PBSジョブ投入]
(1).シングルジョブ

(a).投入シェル準備

$ cat testgro.sh
#!/bin/sh
source /usr/apps.sp3/env/gromas_pgi-vars.sh
mdrun-s -s XX.tpr -o XX.trr -c XX.gro -v
$ chmod +x testgro.sh

(b).ジョブ投入

$ t2sub <グループ,キュー等指定> testgro.sh
(2).MPIジョブ投入

(a).投入シェル準備

$ cat  testgro.sh
#!/bin/sh
 source /usr/apps.sp3/env/gromas_pgi-vars.sh
mpirun -np CPU数 -hostfile $PBS_NODEFILE mdrun -s XX.tpr -o XX.trr -c XX.gro -v
$ chmod +x testgro.sh

(b)ジョブ投入

$ t2sub <グループ,キュー等指定> -l select=4 testgro.sh

8.2 POV-Ray

3.7.0rc7をご利用いただけます。

1.[インタラクティブノードでの実行]

(1).1CPU 利用時

$ povray [オプション] 入力ファイル [オプション]

(2).複数 CPU 利用時

$ source /usr/apps.sp3/env/set_ompi-1.6.5_g4.3.4.sh
$ mpirun -np CPU数 povray [オプション] 入力ファイル [オプション]
2.[PBSジョブ投入]

(1).1CPU 利用時

$ cat > testpov.sh
#!/bin/sh
povray [オプション] 入力ファイル [オプション]
$ chmod +x testpov.sh
$ t2sub <グループ指定等> testpov.sh

(2).複数 CPU 利用時

$ cat testpov.sh
#!/bin/sh
source /usr/apps.sp3/env/set_ompi-1.6.5_g4.3.4.sh
mpirun -np CPU数 -hostfile $PBS_NODEFILE povray [オプション] 入力ファイル [オプション]
$ chmod +x testpov.sh
$ t2sub <グループ指定等> testpov.sh

※複数CPU 利用時,並列出力が正常に出力されないため,並列版は3.5C 版が起動します.

8.3 Tinker

1.[インタラクティブノードでの実行]

$ timer Coordinate_file Repetitions Hessian_Evaluations

2.[PBS ジョブ投入]

$ cat testtinker.sh
#!/bin/sh
timer Coordinate_file Repetitions Hessian_Evaluations
$ chmod +x testtinker.sh
$ t2sub <キュー等指定> testtinker.sh

3.他のバージョン

6.2.01を使用することができます.フルパスでご指定ください.

/usr/apps.sp3/free/tinker/6.2.01_g/bin/timer (gnu版)
                          6.2.01_i/bin/timer (intel版)
                          6.2.01_p/bin/timer (pgi版)

8.4 GAMESS

バージョン01 May 2013を使用できます.
現在フル機能を利用出来るバージョンとしてintel版をデフォルトとしています.
1.インタラクティブノードでの実行

(a).シングル

$ export SCR=/work0/group-name/login_name/scr
$ export USERSCR=`pwd`
$ rm $SCR/*
$ rungms exam01 00 1  > exam01.log

(b).4並列実行

$ rungms exam01 00 4  > exam01.log

※インタラクティブノードでの実行はノード内4並列までです.必ずスクラッチディレクトリの設定をしてください. 無指定の場合は $HOME/scrに自動的に作成されます. /home は指定しないようにお願いいたします.

2.PBS ジョブ

(a).シェルの作成

$ cat > testgamess.sh
#!/bin/sh
cd ${PBS_O_WORKDIR}
export SCR=$TMPDIR/scr
export USERSCR=${PBS_O_WORKDIR}
rungms exam01 00 4 > exam01.log
#

(b).ジョブの投入

$ chmod +x testgamess.sh
$ t2sub  <キュー等指定> -l select=2:mpiprocs=2 testgamess.sh

※ シェル内の指定並列数とt2sub指定の総プロセス数が同じ場合のみ実行します.

※ GNU版を使用する場合は、実行シェル内でフルパスで指定してください.

/usr/apps.sp3/free/gamess/01May2013_gnu/rungms exam01 00 8 > exam01.log

などとなります.

3.違う版を使用する場合

デフォルト版以外、例えば25Oct2012を使用する場合は、フルパスで記述すれば使用できます.

$ cat > testgamess.sh
#!/bin/sh
cd ${PBS_O_WORKDIR}
export SCR=$TMPDIR/scr
export USERSCR=${PBS_O_WORKDIR}
/usr/apps.sp3/free/gamess/25Oct2012_intel/rungms exam01 00 4 > exam01.log
#

などとなります.利用できるのは以下になります.

01May2013_gnu     gcc版
01May2013_intel   intel版(デフォルト)
01May2013_pgi     pgi版
25Oct2012_gnu     gcc版
25Oct2012_intel   intel版
25Oct2012_pgi     pgi版

8.5 platex

簡単な文書を作成してみましょう.始めにドキュメントを確認します. ファイル名を test.tex として,以下のように記述しました.

nkf -w  test.tex

\documentclass{jarticle}
\begin{document}
日本語TeXの練習をしています.

 特に力を入れているのは
\begin{itemize}
\item きれいな文章
\item 判りやすい表現
\end{itemize}
などです.それでは練習に入りましょう.
\\それでは,長い文章を入力してみましょう.これは,どんな長さの文章でもtexが
調整してくれる事を確認するために行ないます.結構長くなりました.どんなもん
でしょうか.
\\\today
\LaTeX
\end{document}

早速 make してみます.

platex test.tex

これにより,test.dviというファイルができますので,

xdvi  test.dvi

画面が表示されました.続いて,

dvips test.dvi

とコマンドをたたくと,test.psというポストスクリプトファイルが生成されます.

gv test.ps
作成したポストスクリプトファイルを見ることができます.
TSUBAMEから直接接続したプリンターはありませんので,直接の印刷はできません.

8.6 Tgif

このアプリは[フォアグラウンド] でのみ実行します.また, GUIアプリなので,X環境が必要です.日本語入力をする場合には, 日本語表示をするためにX環境に必要な日本語フォントを設定するが必要があります.

起動シェルは,localeは日本語環境設定の場合に,日本語メニューを 表示しますが,localeは日本語以外の場合は英語版を起動します.

日本語を使用する場合は,次の環境変数を設定します.

$ export LANG=ja_JP.eucjp

アプリ本体を起動します.先の環境変数によって英語版,日本語版版が起動します.

$ tgif

8.7 R

Rは使い方により,実行方法が違いますので,以下から利用方法に合わせて選択してください.

注意

3.1.0版で並列にエラーが出る場合があります. この場合、以下の操作により 3.1.3版に切り替えてお使いください.

source /usr/apps.sp3/env/Rvars_3.1.3-gcc.sh
1.single

(1).対話式

$ R
  R version 3.1.0 (2014-04-10) -- "Spring Dance"
   :
> 1+2
  [1] 3
>q()
Save workspace image? [y/n/c]:n

(2).バッチ式

$ R CMD BATCH test.R
  --> test.Rout に出力

(3).PBSジョブ

$ cat > testR.sh
#!/bin/sh
R CMD BATCH test.R

$ chmod +x testR.sh
$ t2sub  <specifying group, queue, etc.> testR.sh
  --> test.Rout に出力
2.ノード内並列

始めにパスを通します.

$ source /usr/apps.sp3/env/set_ompi-1.6.5_g4.3.4.sh

(1).対話式

$ R
  R version 3.1.3 (2015-03-09) -- "Smooth Sidewalk"
 :
> library(snow)
> library(pvclust)
> cl <- makeCluster(2,"MPI")
Loading required package: Rmpi
        2 slaves are spawned successfully. 0 failed.
> stopCluster(cl)
 :

(2).バッチ式

$ R CMD BATCH testmpi.R
 --> testmpi.Rout に出力

3.ノード間並列ジョブ

注意
3版以降ではノード間並列にエラーが出る場合があります. ver.2.11 をご利用ください.

(1).シェルを準備

$  cat test.sh
#!/bin/sh
source /usr/apps.sp3/env/Rvars_211gcc.sh
RMPISNOW CMD BATCH t1.R

$  cat testpbs.sh
#!/bin/sh
cd ${PBS_O_WORKDIR}
source /usr/apps.sp3/env/Rvars_211gcc.sh
mpirun -np 3 -hostfile $PBS_NODEFILE ./test.sh
(2).実行

(a).会話型実行

$ mpirun -np 3 ./test.sh

(b).PBSバッチ投入例:

$ t2sub -l select=2:mpiprocs=2 -l:place=scatter ./testpbs.sh
注意
シェル内のnpで指定した数字以上を資源としてください.

8.8 gnuplot

gnuplotはX-windowを使用していますので,必ずssh -Y で接続してください.

では,早速使ってみましょう.

$ gnuplot

      G N U P L O T
      Version 4.6 patchlevel 5    last modified February 2014
      Build System: Linux x86_64

      Copyright (C) 1986-1993, 1998, 2004, 2007-2014
      Thomas Williams, Colin Kelley and many others

      gnuplot home:     http://www.gnuplot.info
      faq, bugs, etc:   type "help FAQ"
      immediate help:   type "help"  (plot window: hit 'h')

Terminal type set to 'wxt'
gnuplot> plot sin(x)
_images/gplot.png

終了する場合は

gnuplot> quit

としてください.