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TSUBAMEのOSのアップグレードについて(8月メンテで実施)(8/18追記)

TSUBAMEのOSのアップグレードについて(8月メンテで実施)(8/20追記)

(すべてのTSUBAME利用者向けの情報です)

学術国際情報センター
平成26年7月10日

【TSUBAMEのOSのアップグレードについて】

 夏季の法令電気設備点検に伴う停電に合わせてTSUBAMEのオペレーティングシステムを含む大規模なアップグレードを行います。このアップグレードにより、最新のCUDAでGPUの性能をより引き出し、セキュリティも向上します。kernelやOFEDやCUDAや各種ライブラリが大幅に変更になりますので、これまで動作していたプログラムの再コンパイルが必要となる場合があるのでご注意ください。もしこれまで動作していたプログラムが動作しなくなった場合は可能な限りサポートさせていただきますので、どうぞご理解とご協力をお願いいたします。

 詳細については後日掲載いたします。

1.停止期間

8月5日15:00 - 8月15日14:00 (夏期法令点検停電による停止を含む)

2.ソフトウエアのバージョン

  • L系キュー以外のキューはOSをアップグレードします。
  • L系キュー以外のキューはアプリケーションパスが変更になります。

基本ソフトウエア

  メンテナンス前 メンテナンス後
    S系、G、H、Xキュー U、Vキュー L系キュー
OS SLES11 SP1 SLES11 SP3 (変更無し)
Infiniband Driver, OFED 1.5.3.3.0.0 2.2-1.0.1 2.2-1.0.1
CUDA 5.5 6.0.1 5.5 (変更無し)
Lustre Client 1.8.7 2.5.22
GPFS Client 3.3.0.2 3.4.0-29

3.4.0-29
PBS 12.0.1, 12.2.1混在 12.2.1
OpenMPI 1.4.2
1.6.3
1.6.5
1.8.2
(変更無し)
MVAPICH2 1.5.1
1.8.1
2.0rc1 (変更無し)
mpich2 1.3
3.0.3
3.1 (変更無し)
BLCR 0.8.2 0.8.5 (変更無し)
PAPI 4.2.1 4.2.1 5.3.2 (変更無し)

アプリケーション(L系キューを除く)

  メンテナンス前 メンテナンス後
(アプリケーションパス) /usr/apps/ /usr/apps.sp3/
AMBER 12 Bugfix 21 (CUDA5.5) 14 update 3 (CUDA6.0)
Molpro 2010.1 2012.1.14
MATLAB R2013b R2013b, R2014a
PGI C/Fortran Compiler 14.2 14.6
Vampir Trace 5.14.3 5.14.4
Tinker 5.1.08 6.2.01
GROMACS 4.0.7
4.6.1

4.0.7
4.6.5

fftw 3.3.2 3.3.4
R 2.11 3.1.0
GnuPot 4.2 4.6.5
(その他のISV,Freeアプリ)   (パス変更のみ)

(18日追記)

・CUDAのパスは /opt/cuda/ から /usr/apps.sp3/cuda/ に変更になりました。
・nkfはのパスは /usr/bin/nkf から /usr/apps.sp3/free/bin/nkf に変更になりました。
・vtuneがSP3環境で動作しません。最新版を入手できないか確認中です。

(20日追記)

SP1環境ノードを作成しました