2014夏メンテで何が変更されたのでしょう。 (2014/8/18 更新)

TSUBAMEのOSのアップグレードについて(8月メンテで実施) にてメンテ以降の変更点を案内しておりますが,
より詳細な情報を以下にまとめました.

1. 変更点概要

変更点の概要は以下の通りです.詳細は,以降の章で説明します.

○L系キュー(L128, L128F, L256, L512) を除く,全ての Linux 計算ノード

  • OSのアップグレード
     
  • 各種アプリケーション(MPIライブラリ,CUDA,ISV・Freeアプリケーション)のパス変更.
    一部アプリケーションのバージョンアップ

○全ての計算ノード

  • 各ミドルウェアのアップデート

○課金計算方法の変更

2. OSアップグレード

メンテナンス前後の OS の変更は次表の通りです.
ただし,L系キュー(L128, L128F, L256, L512)はメンテ前後で変更されておりません.

  メンテナンス前 メンテナンス後
OS SUSE Linux Enterprise Server 11 SP1 SUSE Linux Enterprise Server 11 SP3
カーネル 2.6.32.12-0.7 3.0.76-0.11

3. アプリケーション(MPI,CUDA,ISV・Free)

ユーザ様にて,特に影響を受け,対応が必要となることは以下の通りです.

  • 自前で用意したプログラムがそのままでは動作しなくなる場合があります.そのため,実行モジュールの再コンパイルをお願いいたします.もし,再コンパイルが上手くいかない場合はお問い合わせフォームまでご連絡ください.
     
  • .bashrc などで環境変数を設定されている方は,アプリケーションのパス変更にご注意ください.
     
  • 一部,ISV・Free アプリケーションは,新OSに従来提供していたバージョンが対応しておらず,より新しいバージョンを導入しております.アプリのバージョン違い,モジュールを作成する際のコンパイラの違いにより,計算結果が同一とならない点にご注意ください.

インストールディレクトリ,パスの変更は次表の通りです.太字になっているものが,TSUBAMEのシステム設定でパスが通されているものです.ただし,L系キュー(L128, L128F, L256, L512)はメンテ前後で変更されておりません.(表は現在更新中です).

項目 メンテナンス前 メンテナンス後
CUDA
  • 4.0 (/opt/cuda/4.0/)
  • 4.1 (/opt/cuda/4.1/)
  • 5.0 (/opt/cuda/5.0/)
  • 5.5 (/opt/cuda/5.5/)
  • 5.0 (/usr/apps.sp3/cuda/5.0/)
  • 5.5 (/usr/apps.sp3/cuda/5.5/)
  • 6.0 (/usr/apps.sp3/cuda/6.0/)

※ Ver 5.0, 5.5 は OS サポート対象外です.

OpenMPI
  • 1.4.2 (Intel Compiler 11.1.072) (/usr/apps/openmpi/1.4.2/intel/)
  • 1.6.5 (Intel Compiler 2013.1.046) (/usr/apps.sp3/mpi/openmpi/1.6.5/i2013.1.046/)
Mvapich2
  • 1.5.1 (Intel Compiler 11.1.072) (/usr/apps/mvapich2/1.5.1/intel/)
  • 2.0rc1 (Intel Compiler 2013.1.046) (/usr/apps.sp3/mpi/mvapich2/2.0rc1/i2013.1.046_cuda6.0/)
mpich2
  • 1.3 (Intel Compiler 11.1.072) (/usr/apps/mpich2/1.3/intel/)
  • 3.1 (Intel Compiler 2013.1.046) (/usr/apps.sp3/mpi/mpich2/3.1/i2013.1.046/)
nkf
  • /usr/bin/nkf
  • /usr/apps.sp3/free/bin/nkf

4. ミドルウェアのアップデート

項目 メンテナンス前 メンテナンス後
    インタラクティブ
キュー(S, S96, L128, L128F, L256, L512, G, H, X)
キュー(U, V)
Infiniband Driver, OFED 1.5.3.3.0.0 2.2-1.0.1
Lustre Client 1.8.7 2.5.22
GPFS Client 3.3.0.2 3.4.0-29
PBS 12.0.1, 12.2.1混在 12.2.1

5. 課金計算方法

かねてからご連絡しておりましたが,課金方法の変更されます.t2subで指定する実行時間(-l Walltime オプションによる指定時間.無指定時は1時間)と実際のジョブ実行時間との差が少ないほど課金される額が少なくなります.変更後の計算方法については,「正確なwalltime指定を促進し、TSUBAMEの稼働率を高めるための消費ポイント計算式の変更について」をご参照ください.