実行時間制限にかからずに対話型の利用をする方法

インタラクティブノードには CPU 時間 30 分の制限があります。
そのため、GUI 上での操作、プログラムのコンパイルなどの操作を行っていても
CPU 時間が 30 分経過した時点で強制終了させられます。
なお、この制限時間は実際の経過時間とは異なり、CPU を消費した時間の合計で判定します。

対応方法

30 分を超えた利用を行いたい場合は、バッチキューをお使いください。
ダミーのジョブを投入し確保したマシンに ssh ログインして作業する流れとなります。
最初にダミージョブのスクリプトを作成いたします。 (長い時間の場合は、sleepの時間と、-l walltime=で調整ください)

$ cat dummy.sh
#!/bin/sh
sleep 3600

このダミースクリプトをバッチのSキューに投入いたします。 (H,L系のキューでも同様にできますが、Vキューでは使用できません)

$ t2sub -W group_list=t2gxxxx -l select=1:ncpus=4:mem=40gb -q S dummy.sh

ステータスを確認します。 S (Status のこと) の列の表示が「R」になっている場合、ジョブが実行中で利用できる状態です。
「Q」の場合は、実行開始するまで待つ必要があります。

$ t2stat -n1
t2zpbs01: Req'd Req'd Elap Job ID Username Queue Jobname SessID NDS TSK Memory Time S Time
--------------- -------- -------- ---------- ------ --- --- ------ ----- - -----
100000.t2zpbs01 00SN001 S OTHERS -- 1 1 1gb 01:00 R -- t2a000180/0

一番右の列に記載されている t2a000180 が割り当てられたマシンになります。
/0 はマシンのホスト名とは関係が無いので、取り除いてください。

$ ssh -YC t2a000180

作業が終わりましたら、マシンからログアウトします。
ただ、ログアウト後もバッチジョブは実行中のままでその間課金され続けるため、 t2del コマンドでジョブを削除してください。

$ t2del 100000.t2zpbs01

操作途中にTSUBAMEとの接続が切断する場合の対応方法

TSUBAMEとのSSH接続は 1 時間無操作状態が続くと切断されるようになっています。
切断を防ぐにはご利用のターミナルソフトウェアでハートビートの設定を追加してください。

Cygwin の場合を例に説明します。

(1) 設定ファイルを作成します。

<HOME DIRECTORY>/.ssh/config

(2) ハートビートの設定を追加 設定ファイルに次の行を記述します。

ServerAliveInterval 120