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小さい計算を大量に投入したいのですが,最大限投入できるジョブ数はいくつでしょうか?

バッチジョブとしての制限は 手引きの 3.1.6 制限一覧の3番 にありますように10000本になっておりますが、
計算の粒度が小さい場合や本数が多すぎる場合などに、PBSの処理が追いつかない場合があります。

同時に実行されるジョブはSの場合は30本、Vの場合は購入口数になりますので、処理待ちがあまり
大きくならない程度の本数でまとめていただけますようにお願いしております。また、PBSの処理が
重くなっている場合は投入されたジョブの削除をお願いする場合もあることを含みおきください。

まとめ方として、小さい計算の場合、同時実行ジョブのように、1回のジョブに
まとめていただく形やGXPを用いたアレイジョブなどをご検討ください。