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Amber16公開のおしらせ

(TSUBAMEでAmberを利用する方向けの情報です)

学術国際情報センター
2016年6月30日

【Amber16公開のおしらせ】

 Amber16(Amber 16 Update1, AmberTools 16 Update1)の公開を開始します。

1.1 U キュー、V キュー以外の場合

次のコマンドにより、Amber16 用のパス設定が行われます。

なお、この設定が無い場合は、バージョン14 Update13 が起動します。

(bash 系の場合) $ source /usr/apps.sp3/isv/amber/16_update01/i2013.1.046_ompi1.6.5_cuda7.5/amber16/amber.sh
(csh 系の場合) % source /usr/apps.sp3/isv/amber/16_update01/i2013.1.046_ompi1.6.5_cuda7.5/amber16/amber.csh

1.2 U キュー、V キューの場合

U キュー、V キュー上では、上記の「1.1 U キュー、V キュー以外の場合」の 環境設定を行った場合は、Amber の一部コマンドが正常動作しません。
そのため、代わりに次のコマンドでパス設定を行ってください。

(bash 系の場合) $ source /usr/apps.sp3/isv/amber/16_update01/i2013.1.046_mpch3.1_VM/amber16/amber.sh
(csh 系の場合) % source /usr/apps.sp3/isv/amber/16_update01/i2013.1.046_mpch3.1_VM/amber16/amber.csh

U キュー、V キューで MPI 実行する場合は、次の通り mpich2 の環境設定をしてください。
なお、U キュー、V キューでの Amber の並列実行はノード内のみ正常動作し、ノード間並列は失敗します。

(bash 系の場合) $ source /usr/apps.sp3/env/set_mpch-3.1_i2013.1.046.sh
(csh 系の場合) % source /usr/apps.sp3/env/set_mpch-3.1_i2013.1.046.csh
 *setの文字が全角になっているので、コピーする際には半角にしてください。

利用手順はAmber利用の手引き2章をご覧ください。
http://tsubame.gsic.titech.ac.jp/docs/guides/isv-apps/amber/html/amber2.html

 

2. Amber 16 の新機能

新機能はコンフレックス社のホームページをご参照ください。
http://www.conflex.co.jp/prod_amber.html

以上