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tubame2.5のハイパースレッディングを使えると聞きましたが。?

ハイパースレッドはONの状態になっておりますので、特別な設定は必要ありません。
 
MPIプログラムジョブをS(またはH)キューに投入する場合に、
t2sub -q S -l select=1:mpiprocs=12 とすればハイパースレットは使用しません。
t2sub -q S -l select=1:mpiprocs=24 としたときはハイパースレッドを使います。
(ノード内の資源利用を12以上の数字を指定した場合にハイパースレッドを使用します)
 
Vキューではこの選択はできません。
 
ハイパースレッドが有効に働くかどうかは、プログラムの内容に依存します。
演算密度が高い場合、例えばマトリックスをきっちり計算しているような場合では
効果が出ない場合があります。
 (このような場合はGPUの利用を考えたほうが良いかも知れません)
実際に短い計算を何ケースが投げていただいて、状況を確認していただくのが良いと思います。