最新のMPIを使用したいのですが? (2016/5/12更新)

TSUBAME上に用意されているMPIはMellanox社提供のOFEDに含まれるものがインストールされています。

※TSUBAME2.5で動作確認されているMPIバージョンは以下のものとなります。
OpenMPI:  1.6.5(デフォルト) , 1.8.2 (cuda7.5対応)
MVAPICH2: 2.0rc1 (cuda7.5対応)
MPICH2:   3.1

上記以外のバージョンがインストールされている場合がありますが、これらは試験的にインストールされているものであり、
正常に動作しない場合や十分に性能が出ない場合があることにご注意ください。

また、研究等の目的で異なるバージョンのMPIを使用する場合は以下の手順でご自身の/homeへインストールして使用できます。

1.使用するMPIパッケージをダウンロードして展開してください。

  > tar -xjvf openmpi-1.4.2.tar.bz2
  > cd openmpi-1.4.2

2.インストール先及びオプションにより環境を指定します。
a) 使用するコンパイラを決めてください。"README" を参考にしてください。

    → F77=ifort F90=ifort CC=icc CXX=icpc 
→ F77=pgf77 F90=pgf95 CC=pgcc CXX=pgCC など

 コンパイラのバージョンを切り替える場合は、利用の手引6章を参考に

 > source /usr/apps/isv/pgi/pgiset11.9.sh

 などと事前にセットしてください。この場合、コンパイルオプションに  -V 等を付けて、バージョンを表記することをお勧めします。

 b) インストール先を決めてください。
インストール先は --prefix=xxx で指定します。

  > ./configure F90=ifort CC=  ... --prefix=/home/login_name/openmpi/1.4.2/intel

 c) 使用するオプションを決めてください。
   同梱されている"README" を参考にしてください。
【参考】
/usr/appsに登録されているMPIは以下のオプションで構築されています。
・openmpi (一行で記述)
--prefix=xxx --with-openib --enable-orterun-prefix-by-default
  --enable-mpirun-prefix-by-default --enable-static --enable-shared

 ・mvapich2 (一行で記述)
 --prefix=xxx --with-rdma=gen2 --enable-romio --enable-static
  --enable-sharedlibs=gcc

3.コンパイル、インストール
  > make
  > make install

4.注意点
作成されたMPIは自己責任でのご利用をお願いいたします。