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アプリケーションで指定するメモリ量とPBSで指定するメモリ量の違いはありますか?

PBSで指定するメモリ量は、実行する処理の環境を指定します。例えば、
select=1:mpiprocs=4:ncpus=4:mem=30gb
とすると、MPIプロセスが4本出て、メモリは30GB使用するという意味になります。各プロセスは 7.5GBずつ使うということです。
このメモリ指定とは別に、アプリケーション側でもメモリ指定する場合があります。

1.Gaussian
  gaussian は入力データの先頭の方で、%memとしてメモリサイズを指定します。
gaussianでは、使用するメモリの指定は重要で,場合によってはメモリ不足で
計算が実行できないときがあります. 
メモリの指定とともに,後述する,ハードディスク上の.rwf ファイルの
サイズを制限するキーワード,MaxDiskの指定によって使用するアルゴリ
ズムが変わる場合があります. 
計算する系の大きさ,使用する基底関数,そして計算手法によってメモリ及び
ハードディスクサイズを変えなければなりません. 
限られた計算機資源を有効に使うには,無闇な計算はせず,経験を積んでいた
だく必要があります.
 例)
  (gaussian) %mem=512MB  -->  (PBS) select=1:mem=8gb

2. ABAQUS
TSUBAME では ABAQUS のソルバー実行時の使用可能なメモリ量は 1GB となっています.
変更する場合は,コマンドのオプションに次のように指定してください. 

$ abaqus job=Job-name memory="10gb"