新しいコンパイラに対応したMPIを使いたいのですが ? (2015/4/16更新)

2015年春にMPIの環境は全てのマシンで同じになりました。

こちらを参照ください。

-------- 以下は、2015年3月まで有効だった記述です。---

2014年春にコンパイラのバージョンアップを実施いたしました。
PGIコンパイラは開発サイクルが早いため、コンパイラのバージョンに合わせたMPIを用意しています。

新しいバージョンのコンパイラを使用したMPIを利用する場合は、以下の手順で環境変数を定義してください、
(最新版を使う場合は、最後部分を参照してください)

●openmpi+intel2013
  export PATH=/usr/apps/openmpi/1.4.2/intel2013/bin:$PATH
  export LD_LIBRARY_PATH=/usr/apps/openmpi/1.4.2/intel2013/lib:$LD_LIBRARY_PATH

●openmpi+pgi13.5
  source /usr/apps/isv/pgi/pgiset13.5.sh
  export PATH=/usr/apps/openmpi/1.4.2/pgi135/bin:$PATH
  export LD_LIBRARY_PATH=/usr/apps/openmpi/1.4.2/pgi135/lib:$LD_LIBRARY_PATH

●openmpi+pgi14.2
  source /usr/apps/isv/pgi/pgiset14.2.sh
  export PATH=/usr/apps/openmpi/1.4.2/pgi142/bin:$PATH
  export LD_LIBRARY_PATH=/usr/apps/openmpi/1.4.2/pgi142/lib:$LD_LIBRARY_PATH

●openmpi+gcc (変更なし)

●mvapich2+intel2013
  export PATH=/usr/apps/mvapich2/1.5.1/intel2013/bin:$PATH
  export LD_LIBRARY_PATH=/usr/apps/mvapich2/1.5.1/intel2013/lib:$LD_LIBRARY_PATH

●mvapich2+pgi13.5
  source /usr/apps/isv/pgi/pgiset13.5.sh
  export PATH=/usr/apps/mvapich2/1.5.1/pgi135/bin:$PATH
  export LD_LIBRARY_PATH=/usr/apps/mvapich2/1.5.1/pgi135/lib:$LD_LIBRARY_PATH

●mvapich2+pgi14.2
  source /usr/apps/isv/pgi/pgiset14.2.sh
  export PATH=/usr/apps/mvapich2/1.5.1/pgi142/bin:$PATH
  export LD_LIBRARY_PATH=/usr/apps/mvapich2/1.5.1/pgi142/lib:$LD_LIBRARY_PATH

●mvapich2+gcc (変更なし)

●mpich2+intel2013
  export  PATH=/usr/apps/mpich2/1.3/intel2013/bin:$PATH
  export LD_LIBRARY_PATH=/usr/apps/mpich2/1.3/intel2013/lib:$LD_LIBRARY_PATH

●mpich2+pgi13.5
  source /usr/apps/isv/pgi/pgiset13.5.sh
  export  PATH=/usr/apps/mpich2/1.3/pgi135/bin:$PATH
  export LD_LIBRARY_PATH=/usr/apps/mpich2/1.3/pgi135/lib:$LD_LIBRARY_PATH

 

●mpich2+pgi14.2
  source /usr/apps/isv/pgi/pgiset14.2.sh
  export  PATH=/usr/apps/mpich2/1.3/pgi142/bin:$PATH
  export LD_LIBRARY_PATH=/usr/apps/mpich2/1.3/pgi142/lib:$LD_LIBRARY_PATH

●mpich2+gcc (変更なし)

◎最新版のpgiコンパイラでmpiを使用する場合
始めに基本環境を決定してください。例えば、

  source setompi-pgi142.sh
  source /usr/apps/isv/pgi/pgiset14.3.sh

とセットすることで最新のpgiを使用したmpif90でコンパイルできます。
しかし、実行時にrank=0以外のノードへのpgiコンパイラの環境変数が渡らない状態が発生します。
実行時には、環境引き渡しのオプションを使用してください。


mpirun -n 4 -hostfile $PBS_NODEFILE -x LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH ./myprog

などと指定してください。(openmpiの例) 詳細は利用の手引き
ハイブリット並列の環境変数の引き渡し例
http://tsubame.gsic.titech.ac.jp/docs/guides/tsubame2/html/queues.html#queues-hybrid

また、mpiも最新版を使用したい場合は、

最新のMPIを使用したいのですが?
http://tsubame.gsic.titech.ac.jp/node/554

なども合わせでご参照ください。